นอกจากธงชาติสำหรับพลเรือนและราชการแล้ว ประเทศโปรตุเกสยังมีการใช้ธงกองทัพสำหรับใช้เป็นเครื่องหมายแห่งกองทัพสาธารณรัฐโปรตุเกสโดยเฉพาะ (แต่สำหรับธงประจำอาคารที่ทำการของกองทัพนั้นจะชักธงชาติขึ้นแทน ไม่ใช่ธงประจำกองทัพโปรตุเกสซึ่งโดยมากใช้ในพิธีสวนสนาม) นอกจากนี้ ยังมีธงอย่างอื่นสำหรับข้าราชการในระดับสูงของรัฐบาลและกองทัพสาธารณรัฐโปรตุเกสด้วย

ธงกองทัพ

ธงฉาน

ธงในราชการ

• ธงประธานาธิบดี
• ธงรัฐสภาโปรตุเกส
• ธงนายกรัฐมนตรี
• ธงรัฐมนตรี